萊斯計(jì)算機(jī)科學(xué)家托德·特雷根(Todd Treangen)的生物信息學(xué)研究小組正在與分子診斷公司Great Basin Scientific合作，以優(yōu)化SARS-CoV-2(引起COVID-19的病原體)病毒RNA的分子檢測(cè)分析的設(shè)計(jì)和計(jì)算評(píng)估。下面隨著托普仕老師詳細(xì)了解一下。
萊斯布朗工程學(xué)院計(jì)算機(jī)科學(xué)助理教授Treangen 是COVID-19國(guó)際研究小組COV-IRT的聯(lián)合負(fù)責(zé)人 ，該小組最近舉行了第二屆國(guó)際研討會(huì)，探討了最新的突破。
由博士生Nicolae Sapoval，博士后科學(xué)家Leo Elworth和Treangen領(lǐng)導(dǎo)的Treangen實(shí)驗(yàn)室的 COVID-19診斷小組已開(kāi)發(fā)出一種名為OliVar的新型生物信息學(xué)軟件，該軟件 使研究人員和化驗(yàn)開(kāi)發(fā)人員能夠自動(dòng)化和設(shè)計(jì)針對(duì)病毒基因組區(qū)域的化驗(yàn)突變頻率最低。該軟件有助于設(shè)計(jì)專門針對(duì)高基因組穩(wěn)定性區(qū)域的高質(zhì)量分子檢測(cè)分析。鑒定穩(wěn)定基因組區(qū)域的能力有助于確保經(jīng)常突變并在自然界快速進(jìn)化的病毒基因組的測(cè)試壽命和穩(wěn)健性。
OliVar團(tuán)隊(duì)的其他成員包括軟件工程師Bryce Kille以及博士生Liu Yunxi和Fu Yilei Fu。
Treangen說(shuō)：“與大盆地地區(qū)的這種令人興奮的合作將使我的研究小組開(kāi)發(fā)的計(jì)算方法和軟件能夠直接為快速，靈敏和負(fù)擔(dān)得起的SARS-CoV-2和新興病原體檢測(cè)和監(jiān)測(cè)做出貢獻(xiàn)?！?/p>
總部位于鹽湖城的大盆地正在使用OliVar生成的引物和探針 設(shè)計(jì)來(lái)優(yōu)化，測(cè)試，驗(yàn)證并將其納入大盆地SARS-CoV-2直接測(cè)試，該測(cè)試目前處于后期，是基于逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)的測(cè)試旨在直接從上呼吸道患者樣本中檢測(cè)SARS-CoV-2 RNA的開(kāi)發(fā)。預(yù)計(jì)該公司將在今年晚些時(shí)候向食品藥品監(jiān)督管理局申請(qǐng)緊急使用許可。
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